GBIF IPT

De GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) is een geavanceerde tool voor het registreren en publiceren van biodiversiteitdata. De belangrijkste functie van deze tool is data uit bestanden, in losse files of opgeslagen in een database, in te pakken in een gestandaardiseerd gezipt bestand, een zogenaamd DarwinCore Archive (DwC-A). Deze gezipte bestanden kunnen snel en makkelijk via het internet worden uitgewisseld of direct worden gedownload. GBIF haalt automatisch deze DarwinCore Archives op, pakt ze uit en zet de inhoud in de GBIF data index. Via het GBIF portaal kunnen de data vervolgens worden bekeken, gefilterd, geaggregeerd, gedownload of verder worden gestuurd.

Data in de IPT

De GBIF IPT wordt gebruikt voor drie soorten data:

  1. Primaire biodiversiteitdata, oftewel "occurrence data". Dit zijn data over waargenomen of verzamelde individuele soorten.
  2. Taxonomische checklists. Checklists zijn uitgebreide bestanden over het voorkomen van bepaalde groepen organismen in een specifiek gebied. De nadruk ligt op de taxonomie. Voorbeelden zijn "De libellen van Nederland" of "Vogels van Noord Europa".
  3. Meta-data. De IPT kan een zeer compleet pakket aan meta-data opslaan, dus data over occurrence of checklist data. Deze meta-data worden opgeslagen volgens een algemeen gangbare meta-data standaard (Ecological Metadata Language). De meta-data kunnen op verschillende manieren worden geƫxporteerd. Als het pakket aan meta-data compleet genoeg is kunnen deze gegevens zelfs worden geƫxporteerd in het formaat van een zogenaamde "Data Paper". Deze Data Papers worden gepubliceerd in verschillende wetenschappelijke tijdschriften.

In de IPT kunnen de meta-data samen met de occurrenc of checklist data worden gepubliceerd, of op zichzelf. Door alleen de meta-data online te zetten kunnen de occurrence of checklist data wel gevonden worden maar niet direct worden gedownload.

DarwinCore Archives (DwC-A)

Data worden via de IPT opgeslagen in DarwinCore Archives (DwC-A). Deze gezipte datapakketjes bevatten:

  1. De primaire occurrence of checklist data, gestandaardiseerd volgens de DarwinCore datastandaard, opgeslagen in text files.
  2. De meta-data opgeslagen via de Ecological Metadata Language standaard, in een XML file.
  3. Een Descriptor File dat zegt waar welke info staat, opgeslagen in een XML file.

Deze DarwinCore Archives krijgen binnen de IPT een unieke url, GBIF registreert deze url en haalt de data op zodra de IPT gebruiker dat aangeeft. De data zijn vaak per direct zichtbaar en beschikbaar in het centrale GBIF portaal.
Aanvullende specifieke data kunnen worden meegeleverd in zogenaamde DarwinCore Extensions, er zijn extensions voor metingen, niet-wetenschappelijke soortnamen, genetische informatie, etc. Lees het NLBIF BLOG over DarwinCore Archives.

Overige functionaliteiten

De IPT is voorzien van RSS feeds, presenteert gebruiksstatistieken en heeft een uitgebreide administratieve module die gebruik door meerdere gebruikers, met verschillende privileges, mogelijk maakt. Het is mogelijk de IPT via de Style Sheets geheel aan te passen aan de huisstijl van de data publicerende organisatie.

De IPT loopt op standaard web servers onder Windows, Linux, Unix en Apple systemen.