The post Distributed System of Scientific Collections (DiSSCo) appeared first on NL BIF.

The post Catalogue of Life (CoL) appeared first on NL BIF.

Onderwerp: Data
Titel: Avifauna Georgië: 10 jaar vogeltrek Batumi
Partner: DuGOF
Projectleider: Frank de Miranda & Folkert de Boer
Projectcode: DuGO170608is01

GBIF Dataset: Klik hier

Vansteelant, W. M. G., J. Wehrmann, D. Engelen, J. Jansen, B. Verhelst, R. Benjumea, S. Cavaillès, T. Kaasiku, B. Hoekstra and F. de Boer “Accounting for differential migration strategies between age groups to monitor raptor population dynamics in the eastern Black Sea flyway.” Ibis. https://doi.org/10.1111/ibi.12773.

Wehrmann, J., F. de Boer, R. Benjumea, S. Cavaillès, D. Engelen, J. Jansen, B. Verhelst and W. M. G. Vansteelant (2019). “Batumi Raptor Count: autumn raptor migration count data from the Batumi bottleneck, Republic of Georgia.” ZooKeys 836. https://doi.org/10.3897/zookeys.836.29252

The post Avifauna Georgië: 10 jaar vogeltrek Batumi appeared first on NL BIF.

GBIF Dataset: Klik hier

The post Vogelgeluiden op weg: Xeno-canto aansluiten op e-infrastructuur Naturalis en GBIF appeared first on NL BIF.

GBIF Dataset: Klik hier

The post Bestand Nederlandse waterkevers ontsloten appeared first on NL BIF.

Abstract: Libellen zijn specifieke habitateisen en de achteruitgang van soorten wijst op problemen in ecosystemen. Libellen zijn heel mobiel en bij herstel kunnen gebieden ook snel weer gekoloniseerd worden. Omdat libellen opvallende insecten zijn, zijn ze erg populair en is er veel data over deze groep verzameld. Om libellen en hun habitat te kunnen beschermen moet deze informatie wel beschikbaar zijn, momenteel is dat vaak niet het geval omdat het in lokale databases of door privépersonen beheerd wordt. Hierdoor wordt deze data niet optimaal benut, daar willen we verandering in brengen.
Een aantal van deze databases zullen, via GBIF, voor iedereen beschikbaar gemaakt worden. Dit zijn voornamelijk gegevens uit slecht onderzochte gebieden zoals Griekenland, het Midden-Oosten, Centraal Azië en Noordelijk Afrika. Dit gaat om ongeveer 100.000 records en voor veel van deze gebieden is dat een aanzienlijke toename van de hoeveelheid beschikbare informatie. Data die vanuit dit project beschikbaar is gemaakt wordt momenteel al gebruik om Key Biodiversity Areas in Griekenland aan te wijzen. Er zal op basis van deze data ook een atlas over de libellen van Centraal Azië gemaakt worden, er is verder vrijwel geen informatie over de libellen van deze regio beschikbaar.
Daarnaast organiseren we een workshop om andere beheerders van libellendata te informeren over de voordelen en waarde van open data en hoe data gedeeld kan worden via GBIF. Hierbij gaat het om de technische aspecten maar ook om andere problemen zoals locaties van kwetsbare soorten en eigendomsrechten van gegevens. Voor partijen die dat nodig hebben is er ook technische ondersteuning. Deze workshop wordt gegeven op het Europees libellencongress (ECOO) in Slovenië in 2020. Hier zullen veel waarnemers en databeheerders uit oost en zuidoost Europa aanwezig. Dit zijn juist de gebieden waar veel zeldzame en bedreigde libellensoorten voorkomen maar nu weinig informatie beschikbaar is.

The post Opening dragonfly data appeared first on NL BIF.

Abstract: FLORON en Naturalis werken samen aan een verdere ontsluiting van de Nederlandse Botanische Collectie die door Naturalis in de databank BRAHMS wordt beheerd. Enkele jaren geleden heeft Naturalis bijna een half miljoen herbariumvellen gescand van vrijwel alle ooit in Nederland verzamelde wilde planten. Ook zijn de soortnaam, datum, locatiebeschrijving en verzamelaar gedigitaliseerd. De dataset is in GBIF ontsloten en wordt met enige regelmaat geactualiseerd. Om de bruikbaarheid van deze gegevens verder te vergroten, worden in dit project geografische coördinaten aan de locatie toegevoegd. Hierbij wordt het mogelijk om de gegevens op een kaart te bekijken. Met slimme geocoding tools wijzen we aan elk herbariumvel een voorlopige coördinaat toe. Hiervoor worden onder meer historische waarnemingen en toponiemen uit de Nationale Databank Flora en Fauna gebruikt. Vervolgens vragen we vrijwilligers om de locatie te controleren en te verbeteren. Dat houdt in: het met uitsluitend een locatienaam opsporen van terreinen die botanisch interessant waren, maar nu soms niet meer bestaan. Na afronding van het project worden de locatiegegevens aan GBIF toegevoegd, waardoor gegevens een grote meerwaarde krijgen voor onderzoekers. Tevens is dit het sluitstuk van het beschikbaar maken van verspreidingsgegevens van planten in de Nationale Databank Flora en Fauna. Na afloop is 99% van alle ooit verzamelde floragegevens op één plek digitaal beschikbaar voor overheden, natuurbeschermingsorganisaties en natuuronderzoekers.

The post Geocoding van de Nederlandse botanische collectie van Naturalis appeared first on NL BIF.

Abstract:

Cameravallen zijn een standaardmethode geworden voor onderzoek aan terrestrische zoogdieren groter dan 200g. Het beeldmateriaal vormt een rijke bron van gegevens over zoogdieren op soort- en gemeenschapsniveau, zoals hun verspreiding, hun onderlinge interacties, en hun activiteitenpatronen. Helaas gaan verzameld beeldmateriaal en de bijhorende observaties gaan op dit moment massaal verloren. 

Een oplossing voor dit probleem wordt geboden door Agouti, een platform voor de verwerking er archivering van beeldmateriaal van cameravallen (http://www.agouti.eu), ontwikkeld door Wageningen Universiteit en het Vlaamse Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO). Agouti biedt onderzoekers de mogelijkheid om binnen samenwerkingsprojecten beeldmateriaal te beheren, classificeren, en archiveren. Agouti helpt onderzoek met cameravallen te standaardiseren en vergemakkelijken, en stelt beeldmateriaal en data veilig voor wetenschappelijk onderzoek. 

NLBIF heeft een bijdrage beschikbaar gesteld voor programmeerwerk om de data uit Agouti te ontsluiten en daarvoor een data licentiesysteem te implementeren. Gebruikers kunnen straks cameraval-observaties archiveren in het Camera Trap Metadata Standard formaat inclusief de onderliggende foto’s als een data package permanent in het Zenodo repository. De observaties komen ook in GBIF als Darwin Core Archive, mét link naar het fotomateriaal in Zenodo. Hiermee kunnen gebruikers de data ontdekken en eenvoudig combineren met andere datasets. 

Door de publicatie van data rechtstreeks te ondersteunen vanuit Agouti, zal een groot aantal projecten kunnen worden ontsloten voor natuurbescherming en wetenschappelijk onderzoek. Door gebruikers van Agouti actief te engageren om data te publiceren en de technische drempel hiervoor zo laag mogelijk te maken zal er meer én sneller data ontsloten worden naar GBIF.

De GBIF Dataset is hier te vinden.

Het eindrapport is hier beschikbaar op Zenodo.

The post Van cameraval tot GBIF appeared first on NL BIF.

Samenvatting: In dit project verzilveren we de kansen van beeldherkenning voor de natuurhistorische museale collecties in Nederland. Het juist kunnen herkennen van soorten planten, dieren en schimmels in de Nederlandse natuurhistorische collecties staat hierbij centraal. Dit proces is essentieel voor verdere toepassingen en analyse van deze gegevens. Het gaat om het juist kunnen herkennen van nieuw en bestaand collectie-materiaal. Ongeïdentificeerd materiaal identificeren we geautomatiseerd. Daarbij assisteert de computer de mens bij de vraag “welke soort/object is dit”? We laten ook analysen los op grote sets gedigitaliseerde en al geïdentificeerde collecties. Hiermee sporen we foute of onzekere identificaties op. Dit doen we voor zowel collectiebeheerders als het museumpubliek met eigen natuurvondsten en -waarnemingen. 

We focussen op minimaal vijf kansrijk geachte deelcollecties en soortgroepen, verspreid over drie natuurmusea, Museon en het Rijksmuseum. We bouwen voort op pilots die vanuit Naturalis zijn uitgevoerd. Dit project is een opmaat naar inzet van beeldherkenning voor zowel het Nederlandse museale veld als Europese natuurhistorische instellingen.

Projectdoelen zijn:

1. het delen van kennis van de door Naturalis vergaarde kennis op het gebied van beeldherkenning met de andere natuurhistorische musea (en museumsector), en voor Naturalis specifiek het verkrijgen van feedback en ervaringen van de musea;
2. procesoptimalisatie (data)beheer binnen natuurhistorisch collecties, zoals tijdsbesparing bij digitalisering en systematisch opslaan van collectie;
3. ondersteunen van collectiebeheerders in hun taken en het vergroten van hun kennis;
4. inzet van geautomatiseerde beeldherkenning bij het determineren van natuurvondsten en natuurwaarnemingen van museumbezoekers;
5. relatief eenvoudige determinaties te automatiseren en te versnellen waardoor specialisten zich kunnen focussen op de moeilijke of twijfelgevallen, en het vastleggen en overdragen van hun kennis;
6. de kwaliteit en kwantiteit van waarnemingen te verhogen, zodat uiteindelijk een vollediger beeld ontstaat van verspreidingen van soorten in tijd en ruimte (via o.a. GBIF);
7. zo indirect bijdragen aan behoud van de (Nederlandse) biodiversiteit.

Het project is inmiddels succesvol afgerond, de eindrapportage is hier terug te vinden.

The post Automatische beeldherkenning als instrument voor museumcollecties appeared first on NL BIF.

Abstract: With this project, The Habitat Foundation, addressed the need in boosting Ukraine’s capacity to mobilize biodiversity data and to publish in to GBIF. Ukraine is one of the largest countries in Europe (603,628 km2), yet digital georeferenced biodiversity data from it remain scarce and hardly accessible. GBIF contained about 193,671 georeferenced occurrence records from Ukraine at the start of the project, and most of these records have been provided by other countries. To improve the access to biodiversity data for Ukraine, the project will assist the digitization and standardization of biodiversity data from private datasets and museum collections, facilitating the publication of more data, resulting also in building capacities to mobilise biodiversity data and to make it accessible for research, cooperation and nature conservation. As the project is realised with Ukrainian nature conservation and research organisations and people, publishing biodiversity data will make them part of the global community contributing to the knowledge on nature in Europe. The digitised Ukrainian biodiversity data will benefit from secured storage and the authors will be involved in international research, nature conservation work and publications on biodiversity.

The project will assist Ukraine in (1) Translating in Ukrainian the already popular there biodiversity data portal and mobile app iNaturalist (Results here) and the vernacular names of most of the native taxa, which will be integrated also in the Catalogue of Life; (2) Mobilise more biodiversity data from Ukrainian museum collections, herbaria, and scientific literature by involving and training researchers to digitise and publish new private data sets in GBIF (at least about 170 000 new Darwin Core standardized biodiversity data records. Results here); (3) Further promote and mainstream citizen science and the publication of data in GBIF.  Results here. 

This project will result in increase of available findable, accessible, interoperable, and reusable (FAIR) data on biodiversity in Ukraine, promote biodiversity science, demonstrate the importance of citizens involvement in nature research and conservation, and to mainstream publishing biodiversity data. Reliable FAIR biodiversity data support species and area conservation, helps understanding changes in biodiversity and informs management decisions. The goal is also to assist more organisations to become independent publishers in GBIF and more Ukrainian researchers and citizens scientist to become part of the international community contributing to the better knowledge on nature and its conservation.

The post Mobilization of biodiversity data from Ukraine to GBIF appeared first on NL BIF.