De Bryologische en Lichenologische Werkgroep (BLWG) gaat collecties en waarnemingen uit enkele privéherbaria mobiliseren  via het netwerk van GBIF.

Veel taxonomisch en verspreidingsonderzoek aan flora en fauna wordt in Nederland gedaan door amateuronderzoekers. Zij bezitten soms zeer omvangrijke herbariumcollecties en waarnemingen die opgebouwd werden in een tijd dat biodiversiteitsdata nog schaars was. In Nederland verzamelde gegevens zijn doorgaans al gedigitaliseerd en ontsloten in de Nationale Databank Flora en Fauna en GBIF. Gegevens uit het buitenland zijn meestal niet ontsloten.

In dit project mobiliseren we twee privécollecties met tienduizenden herbariumexemplaren en honderdduizend waarnemingen. We controleren de gegevens wanneer er twijfel bestaat over de determinatie of wanneer een soort voor het eerst in een land wordt gemeld. Daarna publiceren we ze via de IPT van de NDFF Verspreidingsatlas. Het resultaat is een flinke toename van het aantal gegeorefereerde waarnemingen van korstmossen uit de periode 1990-2015.

Foto: Harold Timans (CC BY-SA 4.0)

The post Mobilisatie van Europese waarnemingen en collecties van korstmossen appeared first on NL BIF.

Stichting Bargerveen zet, in samenwerking met Adviseur Water en Natuur, bestaande sieralgengegevens van lange waarnemingsreeksen (1916 – 2014) uit drie vennen om in GBIF-format.

In de jaren zeventig en tachtig van de vorige eeuw kampte Nederland met ernstige verzuring. Daarom zijn de sieralgen van drie vennen van 1978 tot en met 2014 jaarlijks bemonsterd op sieralgen. Van deze vennen zijn ook sieralgengegevens uit de periode 1916-1929 bekend. Sieralgen reageren snel op veranderende omstandigheden en vormen een uitstekende indicatorgroep voor verzuring en eutrofiëring. Ze zijn ook indicatoren voor bijzondere natuurwaarden.

De effecten van vermesting, verzuring en klimaatopwarming zijn terug te zien in de soortensamenstelling van sieralgen in de vennen. Door deze data breder toegankelijk te maken, kunnen onderzoekers en beleidsmakers veranderingen in de biodiversiteit beter begrijpen en effectievere maatregelen nemen om de gezondheid van de vennen te behouden en te herstellen.

The post Ontsluiting en mobilisatie van biodiversiteitsdata van sieralgen appeared first on NL BIF.

Het project Landelijk wantsenbestand richt zich op de mobilisatie van 435.000 waarnemingen van Nederlandse wantsen die nog niet digitaal beschikbaar zijn. Na uitvoering van dit project zijn er 1.1 miljoen Nederlandse wantsenwaarnemingen beschikbaar. Dit maakt Nederland tot een van de beste op-wantsen-onderzochte landen ter wereld.

In de afgelopen 50 jaar is er, grotendeels door het werk van Berend Aukema, een omvangrijk bestand met waarnemingen van Nederlandse wantsen opgebouwd. Deze waarnemingen zijn gebruikt voor een serie verspreidingsatlassen en voor de website Nederlandse wantsen. Ongeveer 60% van deze waarnemingen zijn publiek toegankelijk, maar 435.000 waarnemingen afkomstig uit gedigitaliseerde collecties, literatuur en veldwerk, zijn onderdeel van een privé bestand.

Tijdens het project Landelijk wantsenbestand worden de nog niet publiek beschikbare waarnemingen gecontroleerd, wordt de metadata aangevuld, de taxonomie gestandaardiseerd en wordt het gehele bestand gereed gemaakt voor upload naar GBIF. En wordende  veranderingen in de wantsenfauna over de afgelopen 50 jaar beschreven, met aandacht voor de kolonisatiesnelheid van de vele zuidelijke en exotische nieuwkomers.

The post Landelijk wantsenbestand appeared first on NL BIF.

Natuurhistorisch Museum Rotterdam maakt verspreidingsgegevens van mijten en andere parasieten openbaar op basis van de gegevens uit de collectie van Annelies van Bronswijk. Deze informatie kan gebruikt worden voor biodiversiteitsonderzoek naar groepen waar weinig data van beschikbaar is.

Op GBIF zijn van Nederland en omstreken nog maar 22.309 records van mijten vindbaar, terwijl dit een grote en biodiverse diergroep met soorten die schadelijk zijn voor de menselijke en dierlijke gezondheid. Meer FAIR-beschikbare verspreidingsdata van verschillende soorten mijten helpen deze minder knuffelbare dieren mee te nemen bij het beschermen van biodiversiteit.

De collectie bevat 30.000 slides, voornamelijk met mijten, maar ook andere kleine parasieten. Het Natuurhistorisch verwacht in dit project ongeveer 50% van de collectie te kunnen digitaliseren, en belangrijk voorwerk te doen voor versnelde digitalisering van de rest.

The post Mobilisatie van collectie geprepareerde mijten en andere parasieten appeared first on NL BIF.

GULLIVER zal meeuwenbewegingsgegevens openbaar maken, namelijk GPS-gegevens van de Universiteit van Amsterdam (UvA) en ringgegevens van het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO). Het project bouwt voort op het succes van het eerdere NLBIF-gefinancierde MOVE2GBIF. In dat project ontwikkelden INBO en partners de methode en software om GPS-zendergegevens uit Movebank te vertalen naar het Darwin Core formaat. De aanpak van MOVE2GBIF wordt inmiddels gezien als een aanbevolen standaard voor het publiceren van GPS-zendergegevens.

Met GULLIVER tillen we deze aanpak naar een hoger niveau. We publiceren vijf datasets die samen de bewegingen van meer dan 13.000 meeuwen beschrijven. Het gaat om:

• 4 datasets met GPS-zendergegevens (uit UvA-BiTS), samen goed voor ruim 17 miljoen locaties.
• 1 dataset met meldingen van geringde individuen (uit CR-birding), met meer dan 189.000 waarnemingen van meeuwen met een kleurring.

We zullen deze gegevens op vier platforms publiceren: Movebank, Zenodo, Global Biodiversity Information (GBIF) en Ocean Biodiversity Information System (OBIS). Zo wordt de informatie over de verplaatsingen van meeuwen toegankelijk voor een groter publiek en kan dit gebruikt worden voor breder biodiversiteitsonderzoek. We zullen eveneens een model publiceren dat gedragsclassificaties van de meeuwen kan genereren op basis van acceleratiegegevens. Om de publicatie van deze data semi-geautomatiseerd, reproduceerbaar en voor anderen herbruikbaar te maken, gebruiken en verbeteren we hiervoor het R pakket movepub.

Tenslotte zullen we dit werk beschrijven in een open access data paper, inclusief de datasets, de methoden en de gebruikte software. Zo maken we de gegevens niet alleen beschikbaar, maar ook vindbaar en citeerbaar.

The post GULLIVER appeared first on NL BIF.

Het doel van ‘Fase 2’ is dan ook het verder digitaliseren, structureren en publiceren van deze  waardevolle gegevens, die essentieel zijn voor lange termijn biodiversiteitsonderzoek. De focus ligt op insecten in de ordes kevers en vliesvleugeligen.

Het project legt de basis voor bredere datamobilisatie in Noord-Brabant. Hiermee draagt het structureel bij aan onderzoek, beleid en behoud van biodiversiteit. 

The post Fase 2 van het mobiliseren van biodiversiteitsdata in Noord-Brabant appeared first on NL BIF.

Het project zal focussen op 1) de standaardisatie en verrijking van gegevens uit de fossielencollectie volgens GBIF-data quality requirements, met hoge taxonomische, temporele en geografische precisie, en op 2) de capaciteit en expertise binnen de afdeling Wetenschap te vergroten voor duurzame datamobilisatie naar GBIF vanuit Teylers Museum.

Het project zal door een externe paleontoloog en een registratiemedewerker worden uitgevoerd in nauwe samenwerking met de conservator en beheerders van de afdeling Wetenschap. Aan het eind van het traject is de kwaliteit van de collectiedata verbeterd en de gegevens zijn vrij toegankelijk voor (her)gebruik in wetenschappelijk onderzoek.

The post Data mobilisatie en capacity building bij Teylers Museum appeared first on NL BIF.

Abstract:

Movebank is een wereldwijd platform voor het beheren, delen en archiveren van data van gezenderde dieren. Movebank bevat ruim 2,5 miljard posities, die gezamenlijk de bewegingen van meer dan duizend taxa in zesduizend studies beschrijven, en dagelijks komen er ongeveer 3 miljoen nieuwe records bij. Gegevens in Movebank volgen alle hetzelfde datamodel, wat het mogelijk maakt deze op uniforme wijze te downloaden en analyseren. Deze schat aan gegevens wordt intensief gebruikt binnen de bewegingsecologie, maar wordt nauwelijks gebruikt als bron van algemene verspreidingsdata. Movebank data zijn namelijk niet vindbaar of toegankelijk via het Global Biodiversity Information Facility (GBIF).

Het doel van dit project is om een ​​open source workflow te ontwikkelen om GPS-zendergegevens van dieren in Movebank toegankelijk te maken voor de GBIF-gemeenschap. Deze workflow zal bestaan ​​uit richtlijnen en software om semi-geautomatiseerde publicatie van Movebank-gegevens naar GBIF mogelijk te maken. We zullen deze testen door een reeks datasets van het Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW), Sovon en het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO) te publiceren op GBIF. De resultaten zullen zowel bruikbaar zijn voor het publiceren van andere Movebank studies, als het publiceren van andere sensorgegevens op GBIF. Concreet zullen we:

1. Vijf NIOO-KNAW studies met GPS-zendergegevens van vogels als open data publiceren in Movebank.
2. Richtlijnen en software ontwikkelen voor het standaardiseren en publiceren van dergelijke data vanuit Movebank op GBIF.
3. Data van elf Movebank studies publiceren als datasets op GBIF.

Het project wordt gecoördineerd door Radboud Universiteit.

The post MOVE2GBIF – GPS-zendergegevens van dieren mobiliseren naar Movebank en GBIF appeared first on NL BIF.